سیدعلی از دوازده سالگی و با رفتن به مدرسهی علمیهی سلیمانخان و سپس نواب مشهد، پس از آموختن مقدمات علوم حوزوی، فراگیری دروس سطح همچون معالم، قوانین، شرح لمعه، رسائل، مكاسب و كفایه را از اساتیدی همچون حضرات آیات میرزا احمد مدرس یزدی، حاج شیخ هاشم قزوینی و سید جلیل حسینی سیستانی ادامه داد. اما آن استادی كه سیدعلی نوجوان از او استفادههای فراوانی در دروس سطح برد، كسی جز پدرش نبود؛ یعنی مرحوم آیتالله سید جواد خامنهای كه از آیات عظامی همچون نائینی و آقا سید ابوالحسن اصفهانی اجازهی اجتهاد داشت.
* ۱۳۳۴
شانزده سالگی سنی بود كه آقاسیدعلی حضور در درس خارج فقه آیتاللهالعظمی سید محمدهادی میلانی را آغاز كرد. ایشان همزمان در جلسات مرحوم حاج میرزاجوادآقا تهرانی نیز شركت میكرد. مباحث این جلسات بیشتر به نقد و رد كتاب فلسفهی منظومهی ملاهادی سبزواری میگذشت. علاوه بر این و به دلیل علاقهی آقاسیدعلی به فلسفه و به سبب جوّ ضد فلسفهی آن روزهای مشهد، او ناگزیر بود كه در درس مرحوم آقا شیخ رضا ایسی- از اساتید فلسفهی مورد وثوق حضرت آیتالله میلانی- به صورت پنهانی و خصوصی شركت كند.
* ۱۳۳۶
هجدهمین سال زندگیِ آقاسیدعلی مقارن شد با عزم او برای حضور در نجف اشرف به قصد زیارت حرم امیرالمؤمنین علیهالسلام و درك كردن محضر و دروس بزرگان نجف. سیدعلی پس از حضوری كوتاه در این حوزه، درس اساتیدی همچون آیتالله العظمی سید محسن حكیم را بیشتر پسندید و تصمیم گرفت كه اگر پدرشان اجازه داد، در نجف بماند و به درس آن اساتید برود. به پدر نامه نوشت و از او برای ماندن و ادامهی تحصیل در نجف اجازه خواست. پاسخ منفی شنید و لذا به امر پدر به مشهد بازگشت.
مشهد؛ سال ۱۳۳۶
پس از برگشتن به مشهد و ادامهی ارتباط با طلابی كه از قم برای زیارت حضرت علی بن موسیالرضا علیهالسلام میآمدند، سید جوان مصمم شد برای رفتن به حوزهی قم. در آن هنگام هدایت حوزهی قم را آیتاللهالعظمی بروجردی زعامت میكرد و این حوزه به سوی شكوفایی و مركزیت علمی میرفت. پدر آقاسیدعلی اما كه راهنما و مشاور اصلی او بود، با ترك مشهد موافقت نكرد و این مخالفت ادامه یافت تا یك سال بعد.
* ۱۳۳۷
با شروع سال تحصیلی جدید حوزه، آقا سیدجواد خامنهای رضایت داد كه فرزند فاضلش به قم هجرت كند. آقاسیدعلی به قم رفت و در مدرسهی علمیهی حجتیه مستقر شد. برادر بزرگترش سیدمحمد هم در آنجا طلبه بود. بانی ساخت این مدرسهی علمیه -كه از دیگر مدارس آن زمانِ قم تازهسازتر بود- آیتاللهالعظمی حجت كوهكمرهای بود و طرح معماری آن را علامه سید محمدحسین طباطبایی داده بود.
آقاسیدعلی كه بهزودی در بین هممباحثههایش به كثرت مطالعه و اشتغال درسی شهره شد. از آغاز ورودش به قم در درس خارج فقه حضرت آیتالله العظمی بروجردی شركت كرد. از همان ابتدا در دروس حاجآقا روحالله هم (حضرت امام خمینی رضواناللهعلیه) نیز حضور یافت. از بركات حضور در این درس آقای بروجردی، نكات مهم رجالی بود كه استاد در آن بسیار متبحّر بود. تقریرات درس خارج فقه و اصول مرحوم امام و مرحوم آیتاللهالعظمی بروجردی هنوز نزد آیتالله خامنهای باقی است؛ هرچند كه ساواك بسیاری از آنها را در دوران مبارزه از بین برد.
* ۱۳۴۰
در فروردین این سال حضرت آیتاللهالعظمی بروجردی به لقاء حضرت حق شتافت و مرجعیت امام خمینی رضواناللهعلیه مطرح شد. سخنرانیهای انتقادی امام و اعتراضهای تند ایشان علیه اقدامات رژیم و شخص پهلوی دوم، پایههای قیام اسلامی در قم و زمینههای شكلگیری مبارزات را پی ریخت. شاگردان ایشان نیز هریك در سنگری به تبلیغ و روشنگری پرداختند و به دنبال تحكیم قیام و تثبیت مرجعیت و زعامت امام بودند.
* ۱۳۴۲
پس از حادثهی یورش عوامل پهلوی به مدرسهی فیضیه و با اوجگیری مبارزات طلاب و مردم متدین علیه رژیم، امام خمینی را دستگیر كردند و به تبعید فرستادند. پس از تبعید امام، شاگردان ایشان مبارزات را در قم و دیگر شهرها ادامه دادند. روش مبارزاتی امام سبب شده بود تا آقاسیدعلی -كه تحت تأثیر شخصیت انقلابی شهید نواب صفوی نیز بود- به انجام وظیفهی روشنگری در مبارزات بپردازد. لذا ساواك دو بار او را دستگیر كرد. در همین سال امام خمینی او را به عنوان نمایندهی خود و برای ابلاغ پیام دربارهی مبارزه با رژیم شاه، نزد آیتاللهالعظمی میلانی در مشهد فرستادند. همهی اینها در كنار فضای گرم درس و بحث و مباحثات علمی بود.
* ۱۳۴۳
در این سال آیتالله سیدجواد خامنهای كه در مشهد ساكن بود، بینایی خود را از دست داد. این بدترین خبر برای آقاسیدعلی بود كه میخواست در قم بماند. او با وجود اصرار اساتید خود بر ماندنش در قم و از جمله اصرار آیتالله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی -فرزند آیتاللهالعظمی حائری مؤسس-قصد عزیمت به مشهد مقدس كرد. در مدت تحصیل در قم، به غیر از امام خمینی و مرحوم آقای بروجردی، حضرات آیات شیخ مرتضی حائری در فقه و اصول و علامه سیدمحمدحسین طباطبایی در فلسفه، از دیگر اساتید آقاسیدعلی خامنهای بودند. همچنین آقایان شیخ محمد حسین بهجتی شفق، حجتالاسلام محمدجواد حجتی كرمانی، حجتالاسلام سید جعفر شبیری زنجانی، آیتالله حاج شیخ مهدی باقری كنی و آیتالله ربانی املشی از هممباحثههای نزدیك او به شمار میرفتند.
تلاش شما را در فضای مجازی تحسین کرده و موفقیت شما را از خداوند منان خواستاریم.